Chuyển đổi số y tế tại các bệnh viện lớn gặp khó khăn do tư duy và quy trình chuyên môn, quản lý phức tạp. Hạ tầng công nghệ chưa thống nhất gây trở ngại kết nối dữ liệu. Đầu tư CNTT cho bệnh án điện tử đòi hỏi chi phí lớn nhưng chưa được tính vào giá dịch vụ khám chữa bệnh.
Bệnh án điện tử ở Hải Phòng khó triển khai do tài chính, nhân lực và hạ tầng. Do đó, cần hỗ trợ nguồn lực và kỹ thuật để các bệnh viện tuyến huyện thực hiện hiệu quả. Bộ Y tế đã ban hành nhiều văn bản tạo hạ tầng pháp lý ứng dụng bệnh án điện tử, hướng tới chăm sóc sức khỏe, phòng bệnh bằng công nghệ số.